《心跳回忆》所描述是一个以高中生涯为背景的爱情故事，玩者所扮演的主角甫得到位于濑户内海旁的「光辉高中」的入学许可，即将开始他那崭新的叁年学生生活。在这一所浪漫的学校中，有着一个美丽的传奇故事：「在毕业的那一天，如果女孩在传说的大树下向她所心仪的男孩子倾吐爱慕之情，他们就会终身为幸福快乐所祝福。」

　

　就在你对这个传奇故事半信半疑的同时，突然发现在自己的班上，有一位从小和你青梅竹马长大的女孩。你们已经多年未曾连络，而她的名字是藤崎诗织。游戏的主要目的，就是在叁年的高中生涯中赢得她的芳心，让她在毕业的那一天，再次实现光辉高中最甜美的爱情传奇。